La collection d'algues ne constitue qu'une petite part des collections. Mais, à côté d'une série d'algues marines, on trouve une très riche collection de diatomées comprenant les récoltes de Jules Courvoisier et de Samuel Thomas.
Les diatomées sont des algues unicellulaires, entourées d'une coque finement ornementée. Elément majeur du plancton marin, elles sont aussi abondantes en eau douce.
La sensibilité des diatomées à la pollution en fait un excellent indicateur de la qualité des eaux. Leur étude permet de caractériser l’état biologique des cours d’eau.
Les collections de diatomées conservées dans les musées renseignent sur l’évolution de la pollution ou sur l’amélioration de la qualité des eaux au cours du dernier siècle.
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